Hội nghị Khoa học thường niên bệnh viện thành phố Thủ Đức là sự kiện được tổ chức mỗi năm. Đây là dịp gặp gỡ, giao lưu giữa các nhà khoa học, các nhà quản lý từ các cơ sở y tế, các trường đại học y dược, các viện nghiên cứu trong cả nước, đồng thời chia sẻ các kết quả nghiên cứu mới nhất trong lĩnh vực y khoa, quản lý, y tế công cộng.
Hội nghị thường niên bệnh viện thành phố Thủ Đức nhằm giới thiệu và trao đổi các kết quả nghiên cứu, các tiến bộ, các ý tưởng về khoa học công nghệ, ứng dụng và triển khai công nghệ, những yêu cầu cấp bách của thực tiễn thuộc nhiều lĩnh vực khác nhau bao gồm: Nội, Ngoại, Hồi sức, Tim mạch, Kiểm soát nhiễm khuẩn, Dược, Cận lâm sàng, Chăm sóc người bệnh, Quản lý, Y tế công cộng. Công tác đăng ký, gửi bài, phản biện được tổ chức thực hiện online trên website của Hội nghị tạo điều kiện thuận lợi cho việc trao đổi, chia sẻ ý kiến giữa các tác giả và phản biện.